El 10 de Noviembre de 1.808, durante la guerra de la independencia, tiene lugar la llamada "Batalla de Gamonal". Mandaba el conde de Belveder la Primera División del ejército de Extremadura. Durante la batalla el conde fue alertado  por las avanzadillas que continuamente recorrían los campos entre los ríos Arlanzón y Vena, de la aproximación de las tropas francesas. Ordena que salgan todos los Cuerpos que se hallaban en Burgos, inclusive la artillería, dirigiéndose a las veredas de la carretera de Francia, donde se apostan, sin contar con otro apoyo que el que les pudiera ofrecer el cauce del rió Arlanzón.

Un millón de años antes los ríos excavaban los valles fluviales y la fragmentación del paisaje comenzaba a ser evidente. Se forman las primeras terrazas fluviales o antiguos depósitos fluviales abandonados por los ríos. Las terrazas de los ríos Arlanzón y Vena presentan hallazgos prehistóricos de los últimos cazadores-recolectores. En esta época los arroyos de la sierra acumulan sedimentos al final de los pequeños valles, mientras que las piedras y la tierra de las laderas son arrastradas por el agua hacia las cuevas, que ya están abiertas al exterior. Se sedimenta TD-6 en Gran Dolina de la Sierra de Atapuerca, que a finales del Plioceno, hace unos dos millones de años, se encontraba rodeada por las aguas de un gran mar interior.

Los peregrinos que caminan a Santiago de Compostela llegan a Burgos flanqueados por los cauces de los ríos Arlanzón y Vena y transitan por la sierra de Atapuerca, en etapas de gran belleza reconocida.

No parece casual, que cientos de miles de de años de  historia  en común, hiciera a once municipios y entidades menores a mancomunarse con el fin de procurar el abastecimiento de aguas, el mantenimiento de la red y gestión del suministro hasta los depósitos reguladores de los municipios mancomunados.

Posteriormente, en 1999 se incorporó el municipio e Fresno de Rodilla y en 2004 el de Villasur de Herreros.

Su interés por la exhaustiva gestión  del agua y el apoyo de la la Junta de Castilla y León, ha hecho realidad la instalación de un completo y novedoso sistema de Telegestión del agua en esos municipios aprovechando la mas moderna tecnología de comunicaciones y popularidad de Internet.

Un sistema de mensajes SMS a teléfonos móviles, envía como alarmas los sucesos e incidencias previamente definidas y que requieren la pronta intervención de los responsables en evitación de faltas de suministro o perdidas innecesarias de agua.

La Mancomunidad de los Rios Arlanzón y Vena se suministran del agua que recogen los pantanos de Úzquiza y Arlanzón posteriormente  tratada por Aguas de Burgos que depende del Ayuntamiento de Burgos.