Durante la época musulmana, D. Pedro, Duque de Cantabria y su hijo D. Alfonso, mantuvieron la tierra defendida de los hijos del Islam. Comienza una etapa de paz y tranquilidad y llega el momento del desarrollo de las artes la industria, y demás. Medina de Pomar alcanza su apogeo convirtiéndose el centro económico y político de la zona norte burgalesa.

Iniciada la constitución de Castilla, es el momento en que Medina de Pomar, la antigua Vellica, comienza a desarrollarse y a destacar. Medina de Castilla Veteris nombre adoptado y que cambia a Medina de Pomar cuando avanza la reconquista, mas que nada para distinguirla de otros Medina.

Fue ese territorio el que tuvo la primera división administrativa de la reconquista. Fernán González creo en el las Merindades de Castilla Vieja, siendo gobernadas por las autoridades puestas por los monarcas castellanos. Estos a partir de Sancho IV, el Bravo, confirieron el cargo de Justicia o Merino mayor d ella a Sancho Sánchez de Velasco, y fue en la casa de Velasco, donde se instalo la Alcaldía mayor de las merindades, hasta que Felipe Ii en 1562 traslado la audiencia a Villarcayo, desde Medina de Pomar.

Las Merindades de Castilla, influenciadas por el Conde Salvatierra, se hicieron comuneras y aunque el plan que propusieron estas, instigadas por el Conde, fue darse la mano con los comuneros de Burgos y Valladolid, no lo lograron porque D. Iñigo Fernández de Velasco, vigilaba desde Burgos sus movimientos; pero no pudo impedir que pusieran cerco a la Villa de Medina de Pomar, cabeza de sus estados de esta parte Norte.

En esta época se convierte en ciudad aduanera con el comercio de la lana castellana, camino de los puertos cantábricos, incorporándose al Consulado en el siglo XVI.

Concluida la guerra de las comunidades, continuaron las Merindades sujetas a la casa Velasco, hasta que no quedaban jurisdicciones realengadas en poder de señor alguno.

Como entidad político administrativa, fue primero merindad luego alcaldía mayor y por ultimo corregimiento. La autoridad suprema de la jurisdicción era el corregidor, que era el jefe superior en ambas actividades; administraba la justicia en su audiencia, valiéndose para dar fe del escribano mayor y para ejecutar sus provisiones y mandamientos del alguacil mayor y presidía, con voz pero sin voto, el Concejo mayor o Ayuntamiento general de Merindades, siendo el intermediario entre éste y los organismos superiores administrativos, comunicando a aquél en sus sesiones las órdenes y despachos que recibía para que el Concejo los cumpliese.

El Concejo mayor estaba formado por los regidores generales elegidos por las siete merindades.

Así siguió la tierra gobernada hasta que la división administrativa de 1834 dividió el Ayuntamiento general en tatos como merindades, exceptuando a la merindad e Losa que trasformó a las Juntas que la formaban en Ayuntamientos. En lo jurídico quedó el territorio incluso en el Juzgado de primera instancia de Villarcayo.

Abolidos los señoríos y privilegios con conllevan comienza a volar con sus propias alas, siendo pieza importante y muy disputada durante las guerras carlistas del pasado siglo y en la historia reciente.

En 1834 es declarada ciudad por la Reina María Cristina y, desde entonces, su población ha sufrido altibajos comprensibles por las situaciones y acontecimientos que el presente siglo ha deparado.

En la actualidad es cabeza de un extenso municipio compuesto por 35 pueblos y aldeas.